药学部是集药品采购、供应、制剂生产、临床药学及监督执行药政法律法规为一体的综合性技术部门。下设门诊中药房、门诊西药房、病房药房、临床药学室、药库、制剂室、煎药室等部门现有药学专业人员57人，其中主任药师3人，副主任药师 1人，主管药师 20人。中药专业技术人员44人。国家级特色技术传承人才4名，北京市中药骨干人才3名。
    药学部是医院重点建设科室，科主任被任命为怀柔区中药饮片质量控制中心主任。科室秉承“一切以病人和临床为中心，提供全方位、高质量的药学服务”理念，坚持把维护人民健康保障人民用药安全放在药学工作的首位重视对药品采购供应质量的管理坚持正规渠道进药严格执行国家物价政策加强药品检验杜绝伪劣药品进入医院于2009年被评为怀柔区首批“放心药房”、北京市药物警戒站,2012年、2015年被授予“北京市示范中药房”称号，2015年被北京市中医药管理局授予“颜正华临床中药学学科服务基地”称号，2017年正式成为“北京中医药大学中药实习基地”，2020年成为“怀柔区中药科普示范基地”，多次被评为怀柔区中医医院“先进科室”。
    为了满足不同人群的需要，门诊中药房又分设传统饮片调剂室、免煎颗粒调剂室,能充分保证临床各种特色用药的需求；门诊西药房承担医院中成药、西药的调剂和发放，并随时解答患者和医务人员提出的有关药品方面的问题，为病人提供365天全天候服务；病房药房采用全自动摆药机为住院患者提供安全、卫生的单剂量口服药物，确保患者安全用药。在药品保障的各个环节，配备了先进的冷链设备和药房空间温湿度监控报警系统，确保药品储存条件全程可追溯，为患者的用药安全保驾护航。 煎药室拥有二十台全自动二煎煎药机三组多锅煎药机，五台包装机，在工作中严格执行《医疗机构中药煎药室管理规范》、《中药膏方制作规范》，做到“一切动作有规范、一切操作有记录、一切过程可监控、一切差错可追溯”，全年为患者提供代煎服务。制剂室设有超微粉碎机、微生物限度检测仪、层流净化台等先进设备，主要负责医疗用制剂的研究和配制工作，技术力量雄厚对我院名老中医的传统制剂在继承传统工艺的基础上不断创新可为患者提供25个品种的临方调配制剂，临床疗效显著、价格低廉保证了临床各科特色用药的需求，突出了中医中药特色，得到患者广泛好评。
    近年来科室管理从药品保障供应型模式，逐步转变为集药品采购、供应、制剂、临床药学为一体的综合性管理。坚持药师参与临床工作，开展用药咨询、处方和病历点评等工作，对用药情况及时进行全院通报，制定了一系列合理用药规章制度，每季度编写《药学通讯》下发到各临床科室，努力提升药学服务能力，为临床提供多元化的药学专业服务。
   药学部长期作为药学专业学生见习和毕业实习基地，承担北京中医药大学、北京卫生职业技术学院等医学院校学生的实习带教工作，历年来培训代教实习生百余人。